A Assessoria Institucional trabalha no acompanhamento de Projetos de Lei de interesse do Sistema Fecomércio no Congresso Nacional, por meio da Assessoria Parlamentar da Confederação Nacional do Comércio (CNC). Suas atribuições também incluem o apoio técnico em Conselhos como o Comitê para Pré-Qualificação dos Empreendedores Públicos (COPEP) e suas Câmaras Setoriais e no Comitê de Financiamento à Atividade Produtiva do Distrito Federal (COFAP/DF).

À Assessoria Institucional cabe o apoio ao presidente, diretores e sindicatos filiados e associados em seus relacionamentos com os Poderes Legislativo e Executivo. Também participa do Fórum do Setor Produtivo do Distrito Federal como membro do Comitê Técnico e na elaboração e análise de políticas, propostas e pareceres.